我們研究中應用次世代(NGS)定序技術完成可可豆發酵時期之菌相變化
，共13個菌科(family)，20個菌屬(genus)及35個菌種(species)基因序列被定序比
對出來，完成建立南台灣可可發酵菌之基因資料庫。南台灣可可發酵菌基因資料庫
至今已累積21,293條基因序列，該基因序列與美國生物資訊中心(NCBI)比對後，序
列差異性低於90%(identify)佔所建立資料庫序列數之21%，顯示台灣本土可可發酵
菌株與世界各地可可發酵菌之基因型極具差異性。依所建立之基因資料庫，研究中
選擇 Acetobacter pomorum 及 Gluconacetobacter intermedius 兩菌種進行可可
發酵成熟度之監測。成功設計五組引子(primer)對，利用克隆(clone)及傳統PCR技
術等分子生物技術，完成引子對專一性之測試與驗證工作。為大幅縮短可可發酵指
標菌群監測時間，建立即時之監測技術，經由次世代定序後，第24小時及第72小時
可可自然發酵物中樣品之菌相第一為Acetobacter pomorum (醋桿菌)為最大宗，第
二為Gluconoacetobacter intermedius (中間葡萄酸醋酸桿菌)，第三為Pantoea
dispersa(泛菌)。此次參與可可果採收以及自然發酵製作流程。收集前期自然發酵
可可果，成功分離出三株乳酸菌，依據生理生化測試結果與分子鑑定結果進行比對
， 確定此三株編號： A 菌為L a c t o b a c i l l u s c a s e i ( 相似度9 9 % ) B 、C 菌為
Lactobacillus plantarum (相似度100%)。以氣味產生有無，從五株酵母菌挑出
，3號菌(酒精氣味)與4號菌(香蕉味)。酵母菌3號為Wickerhamomyces anomalus酵母
菌4號為Candida sorboxylosa。將此兩株酵母菌與先前的醋酸菌與乳酸菌進行可可
豆發酵，製成巧克力，發現經由醋酸菌與酵母菌共發酵的可可豆顏色比乳酸菌與酵
母菌共發酵的顏色深。
